O poder judiciário tem entendido que é ilegal a inclusão do ICMS e do próprio PIS COFINS do desembaraço aduaneiro na base de cálculo do PIS/COFINS na Importação devido a inconstitucionalidade do art. 7º, I, segunda parte, da Lei nº 10.865/04. Para entender melhor, quando uma empresa importa um produto, ela deve recolher PIS/COFINS por esta operação, ocorre que antes disto ela também tem de pagar o ICMS e inclusive o PIS/COFINS que incide sobre o pagamento dos serviços do desembaraços aduaneiro, e o que ocorria é que este dois tributos entravam na base de cálculo para calcular o valor do PIS/COFINS que o importador deveria pagar, em uma explicação mais matemática:
COMO É COMO A JUSTIÇA DIZ QUE TEM DE SER
Valor da mercadoria + ICMS incidente sobre o valor da mercadoria + PIS/COFINS pagos pelo desembaraço aduaneiro = base de cálculo para o pagamento do PIS/COFINS da importação Valor da mercadoria = base de cálculo para o pagamento do PIS/COFINS da importação.
Em recente decisão de 30/03/2015 o poder judiciário determinou, em uma causa patrocinada pelo escritório Gabriel Garcia Advogados, a devolução dos valores pagos a maior devido a esta ilegalidade na base de cálculo do tributo para uma empresa , transcreve-se aqui parte da decisão que pode ser consultada na justiça Federal:

Jurisprudência PIS COFINS

Seção Judiciária do Rio Grande do Sul 10ª Vara Federal de Porto Alegre PROCEDIMENTO COMUM DO JUIZADO ESPECIAL CÍVEL Nº 5055933-07.2013.4.04.7100/RS Decido. A empresa autora pretende o reconhecimento do direito à exclusão dos valores de ICMS e das próprias contribuições incidentes sobre o PIS/Importação e a COFINS/Importação, como disposto no art. 7º, I, da Lei n.º 10.865/2004. Postula, ainda, a condenação da Ré à repetição/compensação do indébito relativamente aos últimos cinco anos. A União contesta o feito defendendo a legalidade da tributação em comento. No que tange à base de cálculo para o recolhimento das contribuições sobre o PIS-Importação e COFINS-Importação, tenho que assiste razão à parte autora. O art. 149, § 2º, II, III, alínea "a", da CF/88, nos termos da redação dada pela EC 42/03, autorizou a incidência das contribuições sociais sobre a importação de produtos estrangeiros ou serviços, cujas alíquotas poderão ser ad valorem, tendo por base, no caso de importação, o valor aduaneiro, ou específicas, quando tomarão por base a unidade de medida adotada. A Lei nº 10.865/04 regulamentou o dispositivo constitucional e instituiu o PIS e a COFINS incidentes sobre a importação de produtos estrangeiros ou serviços, dispondo que o fato gerador será a entrada de bens estrangeiros no território nacional, considerando o elemento temporal como sendo a data do registro da declaração de importação de bens submetidos a despacho para consumo (art. 3º, I, e 4º, I). O art. 7º, I, estabeleceu a base de cálculo, sobre a qual incidem as alíquotas de 1,65% para o PIS e 7,6% para a COFINS:(...) No entanto, a base de cálculo deve observar o pressuposto jurídico da incidência, ou seja, a importação, na forma prevista no texto constitucional, que atribuiu competência tributária para a incidência da contribuição sobre a importação e não sobre a própria contribuição. Assim, não pode o legislador acrescentar tributos não autorizados pela Constituição para a incidência do PIS e da COFINS na importação, alargando indevidamente a base de cálculo da exação, em afronta ao art. 110 do CTN. Aliás, a inconstitucionalidade da ampliação do conceito inserido no artigo 149, §2º, II, III, alínea "a", da CF/88 já foi reconhecida pela Corte Especial do TRF da 4ª Região no julgamento da Arguição de Inconstitucionalidade na AC nº 2004.72.05.003314-1:
INCIDENTE DE ARGUIÇÃO DE INCONSTITUCIONALIDADE - PIS E cofins - IMPORTAÇÃO - ART. 7º, I, DA LEI Nº 10.865/2004. 1 - A Constituição, no seu art. 149, § 2°, III, "a", autorizou a criação de contribuições sociais e de intervenção no domínio econômico sobre a importação de bens ou serviços, com alíquotas ad valor em sobre o valor aduaneiro. 2 - valor aduaneiro é expressão técnica cujo conceito encontra-se definido nos arts. 75 a 83 do Decreto nº 4.543, de 26 de dezembro de 2002, que instituiu o novo Regulamento Aduaneiro. 3 - A expressão "acrescido do valor do Imposto sobre Operações Relativas à Circulação de Mercadorias e sobre Prestação de Serviços de Transporte Interestadual e Intermunicipal e de Comunicação - ICMS incidente no desembaraço aduaneiro e do valor das próprias contribuições", contida no inc. do art. 7° da Lei n° 10.865/2004, desbordou do conceito corrente de valor aduaneiro, como tal considerado aquele empregado para o cálculo do imposto de importação, violando o art. 149, § 2°, III, "a", da Constituição." (TRF4, Arguição de Inconstitucionalidade na AC nº 2004.72.05.003314-1, Corte Especial, Relator Antonio Albino Ramos de Oliveira, D.E. 14/03/2007)
Acrescento, ainda, que o Plenário da Corte Constitucional, em sessão realizada em 20/03/13, à unanimidade, no julgamento do RExt. nº 559.937/RS, mantendo acórdão do TRF da 4ª Região, considerou inconstitucional a inclusão do tributo estadual na base de cálculo das contribuições incidentes sobre operações de importação de bens e serviços:
Tributário. Recurso extraordinário. Repercussão geral. PIS/COFINS - importação. Lei nº 10.865/04. Vedação de bis in idem. Não ocorrência. Suporte direto da contribuição do importador (arts. 149, II, e 195, IV, da CF e art. 149, § 2º, III, da CF, acrescido pela EC 33/01). Alíquota específica ou ad valorem. Valor aduaneiro acrescido do valor do ICMS e das próprias contribuições. Inconstitucionalidade. Isonomia. Ausência de afronta. 1. Afastada a alegação de violação da vedação ao bis in idem, com invocação do art. 195, § 4º, da CF. Não há que se falar sobre invalidade da instituição originária e simultânea de contribuições idênticas com fundamento no inciso IV do art. 195, com alíquotas apartadas para fins exclusivos de destinação. 2. Contribuições cuja instituição foi previamente prevista e autorizada, de modo expresso, em um dos incisos do art. 195 da Constituição validamente instituídas por lei ordinária. Precedentes. 3. Inaplicável ao caso o art. 195, § 4º, da Constituição. Não há que se dizer que devessem as contribuições em questão ser necessariamente não-cumulativas. O fato de não se admitir o crédito senão para as empresas sujeitas à apuração do PIS e da COFINS pelo regime não-cumulativo não chega a implicar ofensa à isonomia, de modo a fulminar todo o tributo. A sujeição ao regime do lucro presumido, que implica submissão ao regime cumulativo, é opcional, de modo que não se vislumbra, igualmente, violação do art. 150, II, da CF. 4 Ao dizer que a contribuição ao PIS/PASEP- Importação e a COFINS-Importação poderão ter alíquotas ad valorem e base de cálculo o valor aduaneiro, o constituinte derivado circunscreveu a tal base a respectiva competência. 5. A referência ao valor aduaneiro no art. 149, § 2º, III, a , da CF implicou utilização de expressão com sentido técnico inequívoco, porquanto já era utilizada pela legislação tributária para indicar a base de cálculo do Imposto sobre a Importação. 6. A Lei 10.865/04, ao instituir o PIS/PASEP -Importação e a COFINS -Importação, não alargou propriamente o conceito de valor aduaneiro, de modo que passasse a abranger, para fins de apuração de tais contribuições, outras grandezas nele não contidas. O que fez foi desconsiderar a imposição constitucional de que as contribuições sociais sobre a importação que tenham alíquota ad valorem sejam calculadas com base no valor aduaneiro, extrapolando a norma do art. 149, § 2º, III, a, da Constituição Federal. 7. Não há como equiparar, de modo absoluto, a tributação da importação com a tributação das operações internas. O PIS/PASEP -Importação e a COFINS -Importação incidem sobre operação na qual o contribuinte efetuou despesas com a aquisição do produto importado, enquanto a PIS e a COFINS internas incidem sobre o faturamento ou a receita, conforme o regime. São tributos distintos. 8. O gravame das operações de importação se dá não como concretização do princípio da isonomia, mas como medida de política tributária tendente a evitar que a entrada de produtos desonerados tenha efeitos predatórios relativamente às empresas sediadas no País, visando, assim, ao equilíbrio da balança comercial. 9. Inconstitucionalidade da seguinte parte do art. 7º, inciso I, da Lei 10.865/04: "acrescido do valor do Imposto sobre Operações Relativas à Circulação de Mercadorias e sobre Prestação de Serviços de Transporte Interestadual e Intermunicipal e de Comunicação - ICMS incidente no desembaraço aduaneiro e do valor das próprias contribuições , por violação do art. 149, § 2º, III, a, da CF, acrescido pela EC 33/01. 10. Recurso extraordinário a que se nega provimento.(RE 559937, Relator(a): Min. ELLEN GRACIE, Relator(a) p/ Acórdão: Min. DIAS TOFFOLI, Tribunal Pleno, julgado em 20/03/2013, DJe-206 DIVULG 16-10-2013 PUBLIC 17-10-2013 EMENT VOL-02706-01 PP-00011)
Por fim, impende registrar que a redação do art. 7º, I, da Lei nº 10.865/04 foi modificada pela Lei nº 12.865/13, sendo extirpados do texto legal os acréscimos ora tido por inconstitucionais, passando a vigorar o artigo com a seguinte redação:
Art. 7º - A base de cálculo será: I - o valor aduaneiro, na hipótese do inciso I do caput do art. 3o desta Lei; ou (Redação dada pela Lei nº 12.865, de 2013)
...Inequívoco, portanto que os acréscimos apontados ao conceito de valor aduaneiro pela redação original da Lei nº 10.865/04 são incompatíveis com a Constituição Federal, pelo que devem ser expurgados. Em conclusão, o pedido da Autora deve ser acolhido para o fim de declarar a ilegitimidade da inclusão na base de cálculo do PIS/COFINS - Importação, do Imposto sobre Operações Relativas à Circulação de Mercadorias e sobre Prestação de Serviços de Transporte Interestadual e Intermunicipal e de Comunicação - ICMS, assim como o montante das próprias contribuições (PIS/COFINS), incidentes sobre o desembaraço aduaneiro, em face da inconstitucionalidade do art. 7º, I, segunda parte, da Lei nº 10.865/04. Da compensação/restituição No caso, o cálculo elaborado pelo Núcleo de Contadoria apura um imposto a repetir no valor de R$ 51.847,70, referente ao período até maio/2014 e atualizado até março de 2015. À Autora é facultado optar pela compensação, a ser efetivada na via administrativa, após o trânsito em julgado (CTN, art. 170-A), observado o regime jurídico aplicável quando do ajuizamento da ação. O indébito tributário deve ser corrigido monetariamente pela Taxa SELIC desde o recolhimento indevido. Esclareço que o valor da causa totaliza R$ 38.919,89 (soma das parcelas vencidas e 12 vincendas, sem juros e correção). O limite de 60 salários mínimos, quando do ajuizamento da ação, correspondia à R$ 40.680,00. Ante o exposto, julgo procedente o pedido para declarar a inexistência de relação jurídica tributária que obrigue a empresa autora, nas suas operações de importação, a incluir na base de cálculo do PIS/COFINS-Importação o valor relativo ao imposto sobre operações relativas à circulação de mercadorias e sobre prestação de serviços de transporte interestadual e intermunicipal e de comunicação - ICMS, assim como o montante das próprias contribuições, incidentes sobre o desembaraço aduaneiro, em face da inconstitucionalidade do art. 7º, I, segunda parte, da Lei nº 10.865/04, e condenar a União à restituição das parcelas recolhidas a tal título, o que perfaz, em março de 2015, R$ 51.847,70, facultado o ressarcimento mediante compensação. ;

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